Die St.Johannes-Kirche ist das älteste Gotteshaus in Riga. Ursprünglich befand sich am Standort der St. Johannes-Kirche die Kapelle eines Dominikanerklosters. Nach mehreren Umbauten um das Jahr 1500 erhielt der mittelalterliche Teil des Gebäudes seine derzeitige Form – mit hohen stufenförmigen Giebeln, einem Satteldach und einem kleinen Türmchen.
Im Jahr 1523 entzog der Rigaer Rat den Dominikanern die St. Johannes-Kirche. Die Lettische Gemeinde nahm die Kirche 1582 in ihren Besitz. Aber die Klosterkirche war für Rigas lutherische Gemeinde zu klein. In den Jahren 1587 – 1588 wurde die St. Johannes-Kirche um einen Altaranbau erweitert. Im 18. Jahrhundert wurde die Kirche mehrfach beschädigt und in Folge dessen umgebaut. Der Kirchturm, der bis heute erhalten geblieben ist, wurde 1849 nach einem Entwurf des Architekten J.D.Felsko gebaut.
Um die St. Johannes-Kirche rankt sich auch eine Legende. Im 15. Jahrhundert wollten zwei Dominikanermönche unbedingt zu heiligen Ehren kommen und ließen sich in die Kirchwand einmauern. Solange die beiden Mönche noch am Leben waren, wurden sie von den Rigensern durch ein extra für sie in der Kirchwand freigelassenes Loch gefüttert Allerdings wurden die beiden Mönche nach ihrem Tod nicht heilig gesprochen. Die sterblichen Überreste der Mönche befinden sich noch immer in der Mauer der Kirche, und zu ihrem Gedenken befindet sich in der Außenwand er Kirche eine kreuzförmige Öffnung.
